Il dottorato di ricerca può rappresentare per enti e imprese uno strumento privilegiato per la collaborazione scientifica con la Scuola e lo scambio di conoscenze e competenze per l’innovazione. I programmi di dottorato della Scuola Sant'Anna mirano a collegare la ricerca di base e quella applicata in modo dinamico, con una forte attenzione alle richieste di innovazione da parte dell'industria e delle istituzioni pubbliche. Sono rivolti a giovani e brillanti laureati e laureate provenienti da tutto il mondo, selezionati tramite concorso, con spiccate attitudini alla ricerca e all’elaborazione interdisciplinare. Allievi e allieve seguono un percorso formativo personalizzato, in un ambiente di alta specializzazione, inseriti nei gruppi di ricerca della Scuola con un dialogo e confronto con la comunità accademica e di ricerca a cui uniscono esperienze di studio e di ricerca all’estero in prestigiosi centri di ricerca e istituzioni universitarie in Italia e all’estero.

Enti e imprese possono finanziare una o più borse di studio definendo l’ambito di ricerca di proprio interesse mediante la sottoscrizione di un’apposita convenzione con la quale l’ente o l’impresa di impegna a sostenere il finanziamento per l’intera durata del corso (tre o quattro anni). Nella convenzione oltra ad individuare gli importi e le modalità di finanziamento vengono indicate le modalità di partecipazione dell’ente o impresa al percorso formativo del dottorando con la nomina di un tutor che collaborerà con il supervisore  del dottorando nominato dalla Scuola e l’indicazione di eventuali periodi di formazione in azienda se prevista. Laddove necessario, la convenzione disciplina inoltre tutti gli aspetti legati alla proprietà intellettuale.

Il costo di un posto di dottorato è determinato annualmente dal Consiglio di Amministrazione ed è articolato nelle seguenti voci:

• borsa di studio per i tre/quattro anni di corso
• contributo per il soggiorno all'estero
• contributo per attività di ricerca
• contributo per servizio mensa
• contributo alloggio
• spese generali